Os dois jogos são muito comparados porque foram lançados em um ano em que era tendência misturar deckbuilding com alocação de trabalhadores, e esses dois jogos foram os que mais se destacaram.
Dito isso, são jogos muito diferentes, pois a fonte principal de pontos e implementação das mecânicas em cada um proporciona uma experiência bem distinta.
Simplificando muito, Arnak é uma corrida para ver quem sobe na trilha do templo primeiro e chega mais alto, enquanto Duna tem uma fase de "combate" que na verdade é um leilão com blefe e take-that para ver quem leva o bônus de pontos e recursos.
Mecanicamente, a alocação de trabalhadores proporciona interação entre jogadores muito mais forte em Duna. Nesse jogo os bloqueios são frequentes e impactantes. Se você não tiver um plano B a rodada pode ser desperdiçada. Em Arnak dificilmente o jogador fica sem opção. Pode ser que o espaço que sobrou não seja ótimo, mas sempre é possível extrair alguma coisa.
A parte de deckbuilding também tem influência muito diferente nos jogos. Duna tem um deckbuilding mais clássico, em que você consegue rodar o deck mais vezes, ficando mais clara para o jogador a importância de adquirir cartas poderosas. Em Arnak o deck também roda, mas isso depende da malícia do jogador para conseguir bônus de sacar cartas do deck, exilar cartas ruins, e iniciantes podem ter a sensação de que só vão ver cada carta uma vez, reduzindo a sua importância.
Aqui tem outro ponto que separa os jogos. Arnak favorece muito (mas muito mesmo) os jogadores experientes. Conhecer as cartas de itens e de artefato, os requisitos para subir na trilha, e como essas coisa interagem entre si faz muita diferença. Um jogador experiente vai combar ações, cartas, etc, e fazer tranquilamente o dobro de pontos de um iniciante. Enquanto isso, Duna tem uma curva de aprendizado mais suave, em que iniciantes provavelmente vão perder de veteranos, mas a surra provavelmente vai ser menor e vai ser mais fácil enxergar onde foram os erros.
Pela minha experiência, as pessoas dificilmente gostam dos dois. Uma parte gosta muito do quebra-cabeça para subir rapidamente na trilha do Arnak, com interação suave entre jogadores. A outra parte se apaixona pelo atrito forte do combate de Duna.
Resumindo, os dois cabem na coleção tranquilamente, pois proporcionam experiências bem distintas, mas provavelmente você vai ficar só com um.