Acho que um jogo precisa ser muuuuito específico para utilizar inserts customizados (MDF ou Impressão3D). Em geral, alguns ziplocks (para cartas por exemplo) e aqueles organizadores plásticos de loja de 'utilidades do lar' resolvem perfeitamente - e até melhor do que inserts de MDF em função de peso, resistência/durabilidade e preço (R$15 acha um grande bom!).
Acredito que 95% dos meus jogos possuem estes organizadores plásticos (os que não tem são por causa do tamanho da caixa ou já comprei com algum em mdf).
Exemplo de organizador para quem não sacou ainda de qual estou falando.