Eu acho uma péssima ideia. É uma regra que não faz o mínimo sentido pra mim e se eu fosse implementá-la seria ao custo de uma carta completa de criatura.

Veja, nesse jogo você ganha pontos completando os habitats das criaturas E criando paisagens também. É por isso que existe a pontuação de árvores, montanhas, campos, construções e rios.

Logo, nem sempre quem cumpre mais cartas de criaturas vence o jogo, pois a pontuação de paisagens também é significativa.

Pra mim a graça é exatamente você se virar com o que tiver disponível, mesmo que não seja o ideal para o momento.

Mas também a maioria das minhas partidas foi em 4 jogadores, então roda bastante os expositores até chegar novamente na sua vez.

Uma regra da casa que tenho jogado nas últimas partidas é implementar um estoque de 3 peças para cada jogador.
Na primeira compra de peças, você não precisa colocar elas no tabuleiro. A partir da segunda rodada o jogo segue o ritmo normal, então quando colocar as peças no tabuleiro você terá 6 peças na mão, para colocar 3 delas.

Eu não costumava gostar de regras da casa, mas tenho sido mais flexível. 

No fim das contas, o mais importante é a diversão! Não tenha medo de testar novas regras.

Vou denunciar vocês para o ministério anti house rule aqui da ludopedia. Pode ser que eles confisquem as suas cópias.

(Aviso de conteúdo irônico)

Eu usaria as cartas de animais completadas como uma ação extra de repor um dos lotes de peças. Aí vira a carta para sinalizar que já foi usada.
Seria uma ação incomum (pq não se completam muitas cartas de animais num jogo) e incentiva os jogadores a completar as cartas para ter acesso à essa ação extra.

Nunca senti necessidade disso jogando em 2 aqui em casa. Mas entendo o sentimento. Muitos jogos em 2 jogadores veem um rodízio menor de cartas e peças do que com mais jogadores. Em muitos jogos, incluindo esse, já implementamos uma “esteira” com as cartas - no final da rodada ou turno, a última carta sai, desliza tudo pro lado, e revela uma nova - nem sempre funciona. Aqui vc poderia usar um sistema que já vi em outros jogos onde um marcador anda em volta das peças pra remover onde ele parar. Pode ser algo aleatório (usando um dado, por ex.) ou algo programado (anda sempre um número x de casas). O jogo é seu, seja feliz! Se fica melhor pra vcs, manda ver!

Eu acho que isso tiraria uma das premissas do jogo que é vc trabalhar com o que tem pensando nao só em pontuar com animais mas também com o ambiente.

Pra mim o único defeito do Harmonies é o gatilho de fim de jogo, que parece punir quem está otimizando melhor o espaço e premiar quem faz um jogo mais espalhado. 

Também não sou muito fã de regras da casa, apesar de criar ou mudar regras quando jogo com outras pessoas além da minha esposa. Joguei, por exemplo, Forest Shuffle com todas as cartas, mesmo em 4 pessoas, e embaralhando as três cartas de inverno bem no final do baralho, e não no último terço, para tentar aumentar as possibilidades ou ajudar a completar mais alguns combos, a pedido dos amigos. Pra mim, isso só estica o jogo além do necessário.

Creio que a graça de um jogo como Harmonies é o desafio que ele propõe e como tirar o máximo das peças que estão no mercado. Muitas vezes, tive de mudar a paisagem que estava pensado que ia construir. Para isso, tem de destravar a mente, não o jogo. Puxar mais recursos da bag não significa que virão peças "melhores". Se for pra facilitar, melhor seria abolir o mercado, espalhar as peças na mesa para comprar as que você deseja.

Acabei de ver no BGG uma proposta de regra da casa, para 2 jogadores, com o objetivo de girar mais as cartas disponíveis para compra, substituindo aquelas que nenhum dos 2 jogadores quis comprar por alguns turnos.

Quem manja bem de design de jogos talvez possa dar uma opinião melhor. Não é incomum regras da casa criadas pela comunidades virarem padrão e até mesmo vir numa expansão.

Enfim, cada um busca um objetivo quando joga. O meu, já disse, é resolver desafios. E quanto mais difícil, mas não impossível, mais estimulante é pra mim.

O jogo já é meio solitário, com poucas oportunidades de block. Acho que essa mudança só deixaria ele mais solitário ainda.