É difícil escolher entre dois jogos quando eles não tem muita similaridade. São experiências distintas, então a opinião vai ser muito pessoal mesmo. 

Meu favorito entre os dois talvez seja Scythe, mas é algo muito pessoal. 

Se você for pela maioria, é bem provável que a maioria aqui vai falar que prefere o Duna. Sexto no ranking BGG enquanto o Scythe é "só" o décimo sétimo, então a massa prefere o Duna. Se é que esse dado vale de alguma coisa. 

Se a questão não é o "mais votado" pelas pessoas, então recomendo muito você ler o manual dos dois jogos. Sempre que eu leio um manual de um jogo existe um nível de empolgação que vai percorrendo as páginas junto comigo, esse nível pode ir subindo ou descendo, mas o que importa é que no final da leitura eu tenho um sentimento mais tangível do quanto eu estou empolgado para jogar aquele jogo. É claro que jogar o jogo de fato é diferente de conhecer ele pelo manual, mas o importante é medir o quanto eu fiquei empolgado com aquela proposta de experiência. Dito isso, tudo mais que você puder fazer ajuda, vídeos, (bons!) reviews escritos e no caso de ambos os jogos tem aplicativos pra você jogar eles na Steam se quiser ter uma experiência de gameplay antes de comprar. 

O importante é você entender com qual jogo você e seu grupo se identificam mais! O resto das pessoas não importa rs. 

Boa sorte!

Os dois são excelentes. Ambos são jogos nota 9,0 pra mim, o que eu considero extremamente alto, visto que eu sou um pouco chato mesmo. Gosto um pouco mais de Scythe, mas ele é um jogo mais divisivo, tem gente que ama e tem gente que odeia. Dune Imperium é  um pouco mais unânime e raramente se vê alguém que realmente não gosta dele, mas ao mesmo tempo é mais difícil encontrar quem o considere como o melhor jogo do universo, como ocorre com o Scythe até com certa frequência. Dito isso, é mais fácil acertar com o Dune, especialmente considerando que ele também é mais barato.

Rapaz, acho os dois jogos beeeemmm diferentes. Eu iria de duna pela temática e pq acho muito bem aplicada as duas mecânicas básicas de alocação de trabalhador e deckbuilding. Mas schyte tbm é um jogão.

Você prefere sorvete ou pizza?

Lembas::Você prefere sorvete ou pizza?

Gosto muito dos dois, porém se for pra escolher um fico com Duna disparado.

Você gosta de jogos de cartas em que você vai evoluindo seu baralho ao longo do jogo?

Você gosta de jogos de workplacement?

Você gosta de combate no modelo de disputa de força/recursos?

Você gosta de controle de área?

Você prefere coleta de recursos por meio de cartas e alocação de trabalhadores ou por meio de exploração do tabuleiro e posição territorial?

Você prefere Warcraft / Age of Empires (RTS) ou Dota / Diablo?

Você prefere jogos que duram até 2 horas ou jogos com maior duração?

Você gosta de mesa mais cheia (5 ou 6 jogadores) ou mesa com 3 ou 4 jogadores?

Eu gosto mto dos dois jogos. Acho a disputa do Duna mais acirrada, mais dinâmica. Com possíveis viradas no último momento. E gosto mto de deckbuilding. A combinação dos espaços do tabuleiro com as cartas abre inúmeras possibilidades.

Scythe eu gosto com mais gente para estimular mais as batalhas, pois gosto de interação. A evolução de cada facção ao longo do jogo e a exploração são muito legais. A mecânica de ações é mto bem projetada e exige mais planejamento.

Talvez uma comparação não digo mais acertada, mas menos polêmica, seria com o Expeditions, que toca um gatilho mais euro e próximo do dune imperium, mas com um apelo visual que é mais forte que dune e scythe, regras simples mas bastante profundo nas interações.

Duna, sem dúvidas.