Um não tem nada a ver com o outro, na realidade:
Terraforming mars é um jogo de criação de motor (engine building), você vai gerar recursos para pagar por projetos (cartas) que vão te dar mais recursos, produção ou pontos de vitória. Ele é um jogo de pouca interação entre os jogadores e que você vai ficar o tempo todo pensando no seu motorzinho e de vez em quando baixar uma carta que prejudica o outro mas isso é bem pouco presente. Os jogadores estão tentando melhorar os parâmetros de marte para que seja habitável cada um do seu jeito.
Duna imperium é um jogo de Construção de baralho (você compra cartas que você vai utilizar e reutilizar de várias maneiras ao longo do jogo) e alocação de trabalhadores (você vai usar seus agentes em diferentes lugares do mapa para pegar recursos e outras coisas que te ajudam ao longo do jogo). Tem muita disputa por local e no fim de cada rodada tem um conflito entre os jogadores, além das trilhas de influência, então a interação entre jogadores é muito mais presente e o jogo é mais dinâmico.
Eu prefiro muito mais duna imperium, mas Terraforming mars é um jogo bem bacana também.