A sua primeira dúvida é uma confusão que o manual deixou mesmo amigo.
São 6 etapas a serem seguidas nas batalhas.
Na explicação de cada etapa da batalha, as Operações Táticas são apresentadas DENTRO da Etapa 5 que é a de Resultado, porém o dano das naves é feito na Etapa 6 que a a de Dano ás Naves.
No entanto, logo depois de cada etapa detalhada, o manual traz um exemplo de batalha, onde o jogador perdedor executa a ação de Operações Táticas, depois de danificar as suas naves, como última ação da Etapa 6.
Não procurei me aprofundar no BGG quanto esta questão, e como você poderá ver no manual, na página 22 dá a entender que NÃO PODE, e na página 24, o exemplo mostra o jogador fazendo exatamente o contrário, sugerindo que PODE sim usar o bônus da lua como conserto da nave que acabou de ser enviada para o ferro velho.
Na minha opinião pode, até pq, tematicamente não faz sentido você receber um bônus por derrota se você não perdeu nenhuma nave ainda.

Sobre a sua segunda dúvida, acontece exatamente como você falou:
Primeiro você ativa o módulo com energia ou alocando uma nave, depois você paga o custo impresso na lua e recebe a recompensa. Por isso, recomendo colocar luas "fracas" nesses espaços, como uma lua de energia, ou algum outro recurso abundante da sua facção.

danipeixoto87::A sua primeira dúvida é uma confusão que o manual deixou mesmo amigo.
São 6 etapas a serem seguidas nas batalhas.
Na explicação de cada etapa da batalha, as Operações Táticas são apresentadas DENTRO da Etapa 5 que é a de Resultado, porém o dano das naves é feito na Etapa 6 que a a de Dano ás Naves.
No entanto, logo depois de cada etapa detalhada, o manual traz um exemplo de batalha, onde o jogador perdedor executa a ação de Operações Táticas, depois de danificar as suas naves, como última ação da Etapa 6.
Não procurei me aprofundar no BGG quanto esta questão, e como você poderá ver no manual, na página 22 dá a entender que NÃO PODE, e na página 24, o exemplo mostra o jogador fazendo exatamente o contrário, sugerindo que PODE sim usar o bônus da lua como conserto da nave que acabou de ser enviada para o ferro velho.
Na minha opinião pode, até pq, tematicamente não faz sentido você receber um bônus por derrota se você não perdeu nenhuma nave ainda.

Sobre a sua segunda dúvida, acontece exatamente como você falou:
Primeiro você ativa o módulo com energia ou alocando uma nave, depois você paga o custo impresso na lua e recebe a recompensa. Por isso, recomendo colocar luas "fracas" nesses espaços, como uma lua de energia, ou algum outro recurso abundante da sua facção.

Agradecido pela resposta.
Acabei indo procurar no BGG e, segundo foi falado lá, segue o que diz na regra (e não no exemplo), ou seja, não pode usar o conserto pra uma nave recém danificada.

https://boardgamegeek.com/thread/3380960/article/44971491#44971491

1. Respondido no FAQ do AE, o módulo de reparo pode reparar o que já estiver quebrado, mas não a nave do combate atual.
2. Sim, vc precisa ativar o módulo e aí pagar o custo para obter a recompensa. O ideal desses módulos é colocar alguma lua fraca, com custo baixo. Lembrando que a temática dos módulos amarelos são de comércio, ou seja, vc vai fazer uma troca de um recurso por alguma outra coisa na maioria das vezes. 

Opa galera, tudo certo?
Uma coisa que tenho dúvida, quando vou usar alguma ação em que eu posso gastar qualquer recurso isso incluí todos os recursos menos as energias certo?

ZieX::Opa galera, tudo certo?
Uma coisa que tenho dúvida, quando vou usar alguma ação em que eu posso gastar qualquer recurso isso incluí todos os recursos menos as energias certo?

E aí, amigo, blz?

Bom, ainda não chegou meu jogo, mas já devorei Manual e vídeos de gameplay e, pelo q vi, energia também é recurso, assim como as cartas táticas e os outros habituais, então ela poderia ser gasta quando se tem q gastar qualquer um.

Talvez vc esteja confundindo com o fato de Créditos serem coringas, menos em relação a energia.

Espero não estar falando besteira, qualquer coisa um jogador mais veterano pode confirmar. 

Mais uma dúvida aí na parte "Alocando Novos Invasores". No trecho abaixo das regras, diz:

"Se o invasor da classe indicada já estiver no tabuleiro, em vez disso aloque 2 invasores da classe S na região indicada na carta dele. Se houver menos de 2 disponíveis na reserva, aloque a maior quantidade possível."

Esse trecho que destaquei (carta dele), seria na região da carta do invasor S ou do invasor da carta indicada inicialmente? 

ttkhila::Mais uma dúvida aí na parte "Alocando Novos Invasores". No trecho abaixo das regras, diz:

"Se o invasor da classe indicada já estiver no tabuleiro, em vez disso aloque 2 invasores da classe S na região indicada na carta dele. Se houver menos de 2 disponíveis na reserva, aloque a maior quantidade possível."

Esse trecho que destaquei (carta dele), seria na região da carta do invasor S ou do invasor da carta indicada inicialmente? 

Na minha interpretação, seria na carta de invasor indicada inicialmente

ZieX::Opa galera, tudo certo?
Uma coisa que tenho dúvida, quando vou usar alguma ação em que eu posso gastar qualquer recurso isso incluí todos os recursos menos as energias certo?

Errado. Energia é um recurso, assim como cartas, e pode usar normalmente pra custos que requerem qualquer recurso.

ttkhila::Mais uma dúvida aí na parte "Alocando Novos Invasores". No trecho abaixo das regras, diz:

"Se o invasor da classe indicada já estiver no tabuleiro, em vez disso aloque 2 invasores da classe S na região indicada na carta dele. Se houver menos de 2 disponíveis na reserva, aloque a maior quantidade possível."

Esse trecho que destaquei (carta dele), seria na região da carta do invasor S ou do invasor da carta indicada inicialmente? 

Na carta do invasor S