O manual cita a possibilidade de troca com o navio cheio na página 7, quando está tratando dos recursos primários, mas isso porque é bem raro alguém preferir ficar com uma pele e descartar canoas e cavalos que são muito mais difíceis de serem obtidos e que são o que realmente fazem você vencer.
Tirando a reta final (quatro últimos espaços), que só tem o rio, em todo o restante do jogo é essencial ter uma boa combinação de cavalos e canoas para poder avançar, então não considero uma boa estratégia desfazer deles (a não ser que esteja disponível uma carta sensacional para compra e você precise rapidamente juntar pele e equipamento para comprá-la).
EDIT: Felipe, você entendeu que não se trata de uma troca propriamente dita, mas apenas de descartar recursos que estavam na sua expedição e deixar novos que você acabou de coletar, certo? Fiquei com receio de ter gerado uma interpretação ambígua. Não há troca de recursos, você somente descarta o que tinha e deixa o que acabou de coletar com a ação da carta (desde que o navio esteja cheio, claro).