Aqui nós simplesmente tiramos essas 4 do jogo.
Toda vez que eles tiverem em jogo desbalanceou muito.

Uma solução é embaralhar as 4 cartas e distribuir uma para cada jogador  na preparação do jogo (se tiver menos de 4 jogadores, devolva as que sobraram para a caixa, sem revelar), então, cada jogador já começa com um trabalho de pontuação final.

Verdade.
É uma saída mesmo.
Gostaria muito que saísse uma mine expansão com mais cartas de trabalho de final de jogo. 
Porém, acho pouco provável.

Não lembro de estar específico no manual, mas como são cartas de pontuação final de jogo, aqui entendemos que são trabalhos "já concluídos" , e não é permitido que o jogador conclua o mesmo trabalho mais de uma vez. Ou seja, se um jogador pegar 3 das 4 cartas, sendo que duas são repetidas, não é válido pontuar duas vezes por esta carta repetida, o ideal é orientar o jogar a seguir as regras de descarte de trabalho para que o mesmo volte para o deck de trabalhos e outro jogador possa ter a chance de pegá-la futuramente.

Você sabe que cartas iguais só pontuam uma vez..certo ?

Exatamente.
Mas são apenas 4 cartas.
Sendo duas iguais.
São pouquíssimas perto da quantidade de cartas de trabalho (salvo engano, 44).

Na minha partida, o mesmo jogador comprou 3 das 4.
A repetida ele descartou e ela só volta para para o baralho de compras quando o deck acabar, o que não aconteceu.

No fim, ele estava em último na contagem de pontos e passou todo mundo por conta dessas duas cartas de pontuação de final de jogo.

Acho que caberia muito bem uma mini expansão com mais umas 10 cartas de trabalho de final de jogo, com outros objetivos, até para poder motivar a galera a realizar outras ações tbm.

RaphaViana::Pessoal, vcs não acham que o autor vacilou em colocar apenas 4 cartas de trabalho com pontuação de final de jogo?
(...)
X pontos para cara Mais Procurado que vc capturar;
X pontos para cada Monstros que derrotar;
X pontos para cada vez roubar outro jogador;

Concordo que são poucas cartas, talvez pela dificuldade em se registrar outros tipos de ações. Por exemplo, como você registraria as conquistas que propôs?

RaphaViana:: Pessoal, vcs não acham que o autor vacilou em colocar apenas 4 cartas de trabalho com pontuação de final de jogo?

Das 44 cartas de trabalho, apenas 4 (2 Maecenas e 2 Mestre das Tarefas) são cartas de final de jogo.

Acontece que, jogos com cartas de pontuação de final de jogo, normal, ajudam a direcionar a estratégia do jogador.

Quando o jogo vem com uma quantidade tão limitada de cartas desse tipo e, com apenas dois objetivos (acumular água ou cumprir trabalhos, como é o caso desse jogo), vc acaba limitando d+ a possibilidade dos jogadores comorarem cartas desse tipo.

Na nossa primeira partida, aconteceu de um único jogador comprar 3 das 4 cartas e isso desbalanceou completamente a partida.

Uma solução interessante seria o lançamento de uma mini expansão, com mais cartas desse tipo, por exemplo:

X pontos para cara Mais Procurado que vc capturar;
X pontos para cada Monstros que derrotar;
X pontos para cada vez roubar outro jogador;
...
Enfim, daria para criar uma intimidade de cartas com pontuações de final de jogo que mitigaria a sorte e ajudaria a direcionar as estratégias.

Pelo que entendi esse tipo de trabalho é auto-complete e você não pode ter 2 cópias de trabalhos completados, se você segurar eles na mão, reduziram sua fama no final da partida.