Minha resposta é baseada em Gameplays assistidos, não tenho o jogo.

As fábricas pequenas empilham as peças na área da lua e na fábrica grande elas ficam lado a lado.

Se houver duas peças azuis na fábrica grande e uma peça azul no TOPO de uma das fábricas pequenas, você pega tudo.

Fiquem a vontade de me corrigir, caso eu tenha falado besteira.

clebercastilho::Minha resposta é baseada em Gameplays assistidos, não tenho o jogo.

As fábricas pequenas empilham as peças na área da lua e na fábrica grande elas ficam lado a lado.

Se houver duas peças azuis na fábrica grande e uma peça azul no TOPO de uma das fábricas pequenas, você pega tudo.

Fiquem a vontade de me corrigir, caso eu tenha falado besteira.

A dúvida é justamente se NAO houver uma peça azul numa das fábricas pequenas.  Significa que posso pegar as duas da fábrica grande ou só uma delas?  Isdo baseado no exemplo do próprio manual.

Veja a página 05 do Manual, que trata de tirar peças das fábricas de Lua.

O exemplo trata uma situação semelhante a que você apresentou.

No meu entendimento, deve pegar todas as peças da Lua Grande, se forem da mesma cor.

Cookiejorge::Digamos que existam 2 pedras azuis e uma vermelha na parte da lua da fábrica grande.  E uma fábrica pequena com uma peça amarela na parte da lua.  Eu posso pegar as duas pedras azuis  da fábrica grande ou apenas uma? E se houvesse uma outra pedra azul na parte da lua de uma outra fábrica pequena, eu poderia pegar as três? O manual não deixa isso claro aí da mais colocando um exemplo duvidoso.

Fiquei com uma dúvida similar porque o manual em português não é muito claro a respeito. Vendo o manual em inglês (está aqui nos arquivos) fica bem mais claro. Assim, a resposta é a seguinte:
a) para a 1ª pergunta é sim, vc pode pegar 2 pedras azuis da fábrica grande ou 1 vermelha da fábrica grande ou 1 amarela da fábrica pequena;
b) para a 2ª pergunta é sim também, você poderia pegar as 3 pedras azuis (2 da fábrica grande e 1 da fábrica pequena).
Abraço!