De maneira geral são praticamente o mesmo jogo, com o Uprising tendo algumas pequenas modificações, como os Espiões, que permitem enviar um agente a um espaço já ocupado, e os Vermes de Areia, que funcionam de modo parecido com os Encouraçados da expansão Ascenção de Ix.
Sobre as expansões, como elas foram lançadas antes do Uprising, algumas regras delas podem não funcionar tão bem com essa versão, e o manual recomenda deixar componentes de fora quando for jogar utilizando-as. A expansão que mais se encaixa nessa versão é a Bloodlines, que na verdade parece uma expansão focada na Uprising, mas a editora aproveitou pra colocar uns componentes pro jogo original também e pegar o pessoal do colecionismo.
Sobre comparativo, a comunidade em geral considera a versão Uprising superior ao original, comparando somente os bases.
A minha opinião em particular é que se você não tem nenhuma versão, vá direto nessa que já está mais ajustada, recebeu alguns balanceamentos e provavelmente vai estar mais barata no mercado, comparando com o original que está esgotado. Porém, eu mesmo não vou fazer isso. Como já tenho a versão original com todas as expansões, não faz sentido pra mim trocar pra essa.
Ficou um pouco extenso mas espero que tenha ajudado a dar uma esclarecida aí. Um abraço e boa sorte na escolha.