Para meteoritos você só precisa usar o escudo (que consome energia) caso eles venham na direção de algum cano exposto da sua nave. Para qualquer outro lugar que bater, você simplesmente ignora.
Em termos de temática, no universo do jogo, eu interpreto que os meteoros pequenos são tão insignificantes para a nave, que passam desapercebidos e você pode simplesmente deixá-los bater (ricochetear), sem precisar se preocupar em destruí-los (até porque são mais difíceis de detectar e de acertar). O único risco é quando sua nave possui tubulações expostas por onde eles podem entrar e aí sim, causar danos.