Eu faço assim:
Removi os trays(esses inserts de plástico que vem na caixa).
A turba e monstro vagante da expansão heavenfall foram para a caixa base.
Cartas de monstros do nível 6-10 também tirei da caixa da expansão e foram pro dispenser.
Cartas de itens de turba da expansão também no dispenser.
Turbas - cada uma em um ziplock
Monstros vagantes - como são maiores em tamanho e menores em quantidade, os coloco em ziplocks grandes.
Minis dos heróis - todas em um ziplock
Componentes de cada classe - cada componente das classes vai em 1 ziplock de tamanho adequado separado.
1 ziplock para os componentes do bersker
1 ziplock para os componentes do arqueiro e etc.
Cartas eu tô deixando fora da caixa, no dispenser que tenho e que comporta todas, até das expansões.
Assim facilita quando for jogar, pois essa é a pior parte do setup. A GRANDE quantidade de decks de cartas.

Os tokens, guardo nessa caixa modular:

Dica: eu não uso os tokens de Vida e Mana. Uso dados D6 vermelhos e azuis para marcar a vida e a mana e isso ajudou muuuuuito. Chega daquela coisa de toda hora vc tira e bota token.
Uso dado D6 vermelho para marcar a vida dos montros também. Muito melhor do que usar os tokens. Agiliza
Eu comprei o massive 1 usado para adicionar os montros e heróis ao massive 2.
Comprei também outras expansões fora do Brasil e outras por aqui mesmo.
Vou guardar todas as miniaturas na caixa do 1, quando chegar.
E Vou separar dessa mesma forma que falei acima.
Ficou bom.
Boa sorte!