Acho que o El Dorado seria um pouquinho mais rejogável, por ser mais leve e rápido enjoaria menos rápido. Ele tem expansões também, para ir variando.
O Lewis & Clark tem a rejogabilidade nas cartas (que vão fazer a sua estratégia ser totalmente diferente). O Lewis é um jogo bem mais pesado que o El Dorado. E ele tem um foco muito grande na gestão de recursos - no El Dorado é basicamente só as poucas cartas na sua mão naquela rodada.

Eu acho o Lewis & Clark bem mais jogo. Aliás, tem no BGA, você pode testar lá.

Não tenho efeito de comparação porque nunca joguei o L&C, mas comprei o El Dorado há alguns meses e me surpreendi muito positivamente. O jogo é bem divertido, partidas bem dinâmicas com duração customizável, já que quem cria o tabuleiro é o jogador. Além disso é um ótimo jogo de entrada, porque além de regras simples tem um tema interessante e arte bem bonita. Uso bastante como gateway.

Nunca joguei o Lewis & Clark, mas tenho o El Dorado.
El Dorado é uma das melhores opções de jogo familiar que temos no mercado, rejogabilidade beira ao infinito devido aos mapas customizáveis. Só no BGG tem mais de 40 mapas disponíveis e você pode criar os seus.
O Lewis & Clark é um jogo mais expert, por isso deixei ele passar kk.

Ai é complicado, tenho muita estima por ambos os jogos. L&C é um dos meus euros favoritos, enquanto que The Quest for El Dorado é um dos meus Deck Builders favoritos.

O mesmo "bla bla bla" de sempre se aplica aqui: São jogos distintos e dar pra ter os dois. 

Mas me colocando na sua situação, tendo que escolher um, eu fico com L&C. 

Entendendo que pra vc "rejogabilidade" é variabilidade ou o tempo que você vai levar até "esgotar" as possbilidades estratégicas do jogo, L&C oferece muito mais rejogabilidade que o El Dorado. As cartas nesse "hand building" tem um impacto enorme no que você vai fazer. Somando isso a interação com outros jogadores que, você vai precisar adaptar seu jogo e sair do "script" com certa frequencia. Tem um modo de jogar personalizando o trajeto da corrida e ainda tem um modo solo desafiador e compenente. Então, pra mim, essa seria a melhor escolha. Ainda que seja um jogo que considero mecanicamente elegante, não é um jogo simples e é relativamente longo. Se você entender que o seu grupo gosta de jogos assim, então a galera deve curtir. Eu adoro o fato de L&C ser um euro de gestão de recursos, inventário (já que seu espaço é limitado) e tempo e tudo isso ser usado para disputador uma corrida pura, onde quem chega primeiro ganha. Ele não é a mais generica e comum salada de pontos que é bem comum hoje e é a base de muitos outros euros, que acabam sendo mais parecidos entre si, o que pra mim não é problema, mas gosto da personalidade do L&C.