Pelo o que sei esse sequenciamento assim você vai conseguir nas expansões. No jogo base as missões não seguem ordem. Talvez exista até alguma ligação rasa entre algumas, mas nada que seja como uma campanha completa. Pelo menos na 1ª edição não tinha ordem e nesse sentido das missões básicas do manual não mudou muita coisa na 2ª edição.

Boa noite, 
Realmente são missões isoladas; não há progressão entre elas, e não há necessidade de jogar em ordem.
Se você quiser uma experiência de campanha compra as expansões Washington Z.C. ou Fort Hendrix. São excelentes e dão essa sensação de progressão da história.

É como já disseram,
Porém acrescento que caso queira uma experiência de campanha simples, além de adquirir as 2 expansões (3 se contar a rio z janeiro mas que ainda não chegou no Brasil)
Tu pode ir aqui na aba de arquivos e pegar o cadernos de missões extras,
Q no final possui 2 missões de campanha utilizando apenas o jogo base da 2nd edição  

Mas aí como eu jogo? Como seleciono qual missao jogar?

filipeaf1997::Mas aí como eu jogo? Como seleciono qual missao jogar?

O critério é totalmente subjetivo a meu ver, pois o manual não sugere qualquer ordem.
A gente aqui escolhe pela dificuldade e duração.

filipeaf1997::Mas aí como eu jogo? Como seleciono qual missao jogar?

Na primeira edição as missões tem alguns parâmetros como dificuldade, número de jogadores e tempo de partida. São coisas que te ajudam a escolher uma missão que se adeque melhor ao momento do seu grupo.

Na segunda edição, se não me engano, tem a dificuldade e o tempo. Se nada disso fizer diferença pra você, então escolha uma qualquer e seja feliz.

Campanha você só encontrará nas expansões ou missões feitas por fãs como já foi citado acima.

filipeaf1997::Mas aí como eu jogo? Como seleciono qual missao jogar?

Ue. Vc escolhe baseado em dificuldade ou tempo da partida, pra pegar algo q te agrade ou caiba no tempo q vc tem de jogo.