Oi Adriano, tudo certo?
Vamos às respostas:
1) Sempre que o jogador coloca um dado no colar, mesmo usando ações especiais, ele pode optar por colocar uma semente se houver local. 
2) O jogador pode optar por usar a semente para bloquear uma possível maioria de um adversário, já que as sementes especiais podem ser usadas como ação extra e sem custo. Basta trocá-la por uma semente (sua ou de outrem) que esteja posicionada na área!
3) Sim, pois estão empatados em número de sementes. Consequentemente, ambos receberão como pontuação o valor correspondente ao valor médio presente na área. Por exemplo: digamos que existam dois dados (um de face 6, outro de face 5) posicionados e um espaço vazio e duas sementes, uma de cada jogador. Então os jogadores receberão 5 pontos pelo controle de área, pois 5 é o valor médio. O maior seria 6 e o menor zero (nicho de dado vazio).
Espero ter ajudado. Para mais dúvidas, só chamar!
Abraço e divirta-se com seu Masai!