Fala, amigo! Tudo certo?
Rapaz, a pontuação é feita ao final somando todas as bolinhas verdes. Elas estão presentes nos artefatos, em fichas (como os Ídolos do Macaco ou o Ovo do Dragão), e nas cartas que você adquiriu. Além disso, soma-se também a quantidade de moedas.
Várias são as cartas que conferem pontuações ao final do jogo - são todas que possuem esse círculo verde com valor no canto superior direito da carta.
Não importa quantas vezes cada uma delas foi jogada (seria até meio difícil controlar isso: contar quantas vezes de cada carta com círculo verde você jogou). Basta ter adquirido a carta para ela contar pontos ao final, sendo irrelevante se ela nem chegou a sair da sua pilha de descarte, se foi para a pilha de compras, se deu tempo de ir para a sua mão ou se chegou a ser jogada (e quantas vezes).
Em suma: cada carta conta, não importa onde esteja, uma única vez - do mesmo modo como é feito com as demais bolinhas verdes e moedas.
Espero ter ajudado!
Boa jogatina!
Abraços!