Não, não remove a entrada de zumbis não. Só os zumbis mesmo.

Não me recordo das missões (já faz um bom tempo que joguei). Você poderia postar uma foto do texto do qual você tem dúvida? Assim eu poderia dar uma opinião melhor.

Olha - a não ser que a descrição da missão especifique esse efeito - o Molotov NÃO remove entrada de zumbis.
Só me lembro da descrição do Molotov destruir entradas de zumbis nas missões do recente Zombicide: Night of the Living Dead

Como o pessoal falou, o motolov só elimina "agentes", ou seja, sobreviventes e zumbis. Sendo assim, você não pode remover a ficha de entrada de zumbis.

Nesta missão parece que falta um pouco mais de descrição dos objetivos. De qualquer forma, seu grupo de sobreviventes vai precisar entrar lá na prisão e ativar o dispositivo amarela para ficarem isolados lá dentro. Depois é só ir limpando as salas. Uma coisa que nem sempre está explícita na descrição dos objetivos é que a verificação das condições de vitória acontece ao final da Fase dos sobreviventes. Dessa forma, se seu grupo conseguiu matar todos os zumbis lá dentro da prisão durante a fase de ativação dos sobreviventes, vocês vencem porque não haverá a faze de zumbis.

Provavelmente vocês vão precisar dividir o grupo para irem limpando ao mesmo tempo os dois lados da prisão.