Enquanto não temos as respostas oficiais do Parma, acho que posso te ajudar na maioria das suas dúvidas, Deco Freitas:
Cartas de Bônus: Se for ver bem a ordem do setup, as cartas de bônus para os jogadores são entregues antes das cartas de bônus serem separadas para o deck de civilização. Usando o seu exemplo onde a conta não bate, no caso o que acontece é que cada um dos 3 jogadores recebem as 3 cartas (sobram 3 na caixa do jogo) e aí os jogadores vão escolher dentre as 3, apenas 2 para ficar na mão (explicando assim outra dúvida sua), retornando as 3 cartas que vão sobrar pra caixa. No total então agora temos 6 cartas na caixa. Agora sim, você pega essas 6 cartas, embaralha e separa 4 cartas sem ver para entrar no deck de civilização entre as eras. Nesse caso, teremos 2 cartas de bônus que ficarão fora do jogo.
Bônus para o jogador automatizado: No modo 2 jogadores nós recebemos 4 cartas e escolhemos duas para ficar na mão, devolvendo as outras duas pra caixa. Como o jogador automatizado não vai escolher carta, ele recebe apenas duas aleatórias que serão as cartas que ficarão com ele.
Batalha: O jogador que defende pode usar os dados militares, mesmo que estejam no campo de Dados Usados já. Somente o atacante precisa ter os dados no campo de Dados Disponíveis. Essa informação aliás está no primeiro parágrafo da regra "7ª Ação: Iniciar uma Batalha (Facultativa)" na página 9 do manual.
Descarte de cartas: O jogador não é obrigado a fazer isso quando estiver com o limite de cartas na mão. Mas se ele quiser comprar mais uma carta, o que o faria ultrapassar o limite, aí ele precisará descartar da forma citada caso ele ainda não tenha recursos para ativar a mesma.
Jogador Automatizado e o dado de troca: Na minha interpretação se o dado sair em branco ele não pega recurso nenhum, mas realmente aí fico na dúvida se essa era realmente a intenção do designer. Aguardemos a resposta oficial.
Final da Passagem de tempo em jogo de 1 jogador: Não tem nada nas regras que sugira que essa ação seja tomada. A única diferença deste ponto do jogo na regra para 1 jogador é que caso a última rolagem de dados caia em um campo com cartas, essa carta vai para a mão do jogador automatizado ao invés de ser descartada do jogo. A atualização do grid acontece como normalmente na regra para 2, 3 ou 4 jogadores.
Dados de batalha do jogador automatizado: Sim, você está correto nesses pontos.
Revolução Política do jogador automatizado: Como ele vai sempre ativar uma carta que tiver na mão no momento que tiver os recursos disponíveis, eu imagino que ele não consiga em nenhum momento ter recursos suficientes para realizar a revolução política. Porém, no caso de ele não ter carta nenhuma para ativar, ou conseguir ter 10 recursos que não serão utilizados para ativar uma carta na mão, eu entendo que ele faria a revolução política sim. Em poucas palavras: eu entendi que o jogador automatizado vai juntando recursos até o momento em que ele consiga ter recursos suficientes para fazer alguma coisa: Seja ativar carta da mão ou fazer a revolução política. Mas fico no aguardo da resposta oficial aqui também.