Ainda não joguei a expansão, mas na página 11 de Ágora:

C. ATIVAR UMA CONSPIRAÇÃO
No início do seu turno, se tiver uma Conspiração preparada, você pode
ativá-la. Para fazer isso, revele a carta de Conspiração ativada e aplique
seu efeito. Mantenha a carta de Conspiração voltada para cima à sua frente
e deixe sob ela a carta de Era que usou para prepará-la.

7 Wonders Duel é jogado em turnos. Se o adversário constrói uma maravilha que permite ele jogar novamente, ele não passa o turno, ele continua no turno dele. O turno só é encerrado quando ele usar todas as ações. Quando isso acontecer, aí ele passa o turno e é possível ativar uma conspiração.
Já ganhei partidas por supremacia militar e científica construindo maravilha só para remover a carta que estava sobre a que eu precisava para ter o último avanço militar ou o último símbolo científico. Não existe nada que o adversário possa fazer para prevenir que isso aconteça se o jogo chegar nessa situação.

Sim Carlos. Quanto à sua explicação estou de acordo.

Porém eu se eu construí uma Maravilha que me permite jogar outra vez, e com a jogada adicional, eu construí uma maravilha que me permitiu avançar 2 casas militares. E ainda assim, eu não venci o jogo, porém meu adversário ativou a conspiração preparada dele que diz o seguinte: Selecione uma maravilha construída do oponente. Remova-a do jogo e remova seus efeitos... com isso, meu oponente removeu justo a maravilha que me permitiu jogar novamente.

Se for olhar apenas por descrição de texto... eu perdi a maravilha que me permitiu jogar novamente, e como a jogada adicional foi construir outra maravilha, eu deixaria de ter a nova maravilha construída também? Recuaria 2 casas de avanço militar, porque não tive a jogada adicional e a carta usada para construir essa última maravilha voltaria para a pilha da estrutura?

 diegonunesnl::Sim Carlos. Quanto à sua explicação estou de acordo.

Porém eu se eu construí uma Maravilha que me permite jogar outra vez, e com a jogada adicional, eu construí uma maravilha que me permitiu avançar 2 casas militares. E ainda assim, eu não venci o jogo, porém meu adversário ativou a conspiração preparada dele que diz o seguinte: Selecione uma maravilha construída do oponente. Remova-a do jogo e remova seus efeitos... com isso, meu oponente removeu justo a maravilha que me permitiu jogar novamente.

Se for olhar apenas por descrição de texto... eu perdi a maravilha que me permitiu jogar novamente, e como a jogada adicional foi construir outra maravilha, eu deixaria de ter a nova maravilha construída também? Recuaria 2 casas de avanço militar, porque não tive a jogada adicional e a carta usada para construir essa última maravilha voltaria para a pilha da estrutura?

Pela leitura simples da ação da carta de acordo com o manual:

Escolha 1 Maravilha construída pelo seu oponente e a devolva para a caixa. Ela não será mais usada nesta partida e seus efeitos são perdidos.

7 Wonders Duel não é um jogo que necessita de memória, portanto não é necessário lembrar qual carta do descarte foi construída quando "O MAUSOLÉU" foi ativado, nem qual ficha foi adquirida quando "A GRANDE BIBLIOTECA" foi ativada. Quando uma maravilha é destruída avanços militares não voltam, uma carta construída do descarte não é descartada, a ficha de progresso não é devolvida e nem moedas são perdidas ou reestabelecidas. O que é perdido são itens adicionais dados pela maravilha (como vidro/papiro) para construções futuras, além dos pontos de vitória concedidos pela maravilha ou qualquer outro benefício permanente que possa ser aplicado no decorrer da partida.
Pode encontrar mais esclarecimentos sobre isso nesse tópico do bga ou nesse tópico do BGG (em inglês).

EDIT: esse tópico (também em inglês) esclarece um pouco mais o assunto.

Boa tarde.

diegonunesnl:: Sim Carlos. Quanto à sua explicação estou de acordo.

Porém eu se eu construí uma Maravilha que me permite jogar outra vez, e com a jogada adicional, eu construí uma maravilha que me permitiu avançar 2 casas militares. E ainda assim, eu não venci o jogo, porém meu adversário ativou a conspiração preparada dele que diz o seguinte: Selecione uma maravilha construída do oponente. Remova-a do jogo e remova seus efeitos... com isso, meu oponente removeu justo a maravilha que me permitiu jogar novamente.

Se for olhar apenas por descrição de texto... eu perdi a maravilha que me permitiu jogar novamente, e como a jogada adicional foi construir outra maravilha, eu deixaria de ter a nova maravilha construída também? Recuaria 2 casas de avanço militar, porque não tive a jogada adicional e a carta usada para construir essa última maravilha voltaria para a pilha da estrutura?

Tenho jogado muitas partidas do 7WD com a expansão Panteão e Ágora juntos no site BGA.

Quando a regra diz: "ela não será mais usada nesta partida e seus efeitos são perdidos" ela refere-se apenas os efeitos que estão acontecendo na partida (Ex.: Maravilha O Grande Farol e Pireu que fornecem Materias Primas e Manufaturados), bem como os que ainda irão acontecer (fornecimento de Pontos de vitória, onde no jogo base, sem expansão, todas as maravilhas fornecem pontos, com exceção do O Templo de Ártemis).

Os efeitos que já ocorreram não podem ser desfeitos (Exemplo: Ganho de moedas, de escudo, jogar de novo, perda de moedas e cartas)

Assim,  nada disso que voce fala abaixo vai ser desfeito, pois já ficaram no passado:
eu deixaria de ter a nova maravilha construída também? Recuaria 2 casas de avanço militar, porque não tive a jogada adicional e a carta usada para construir essa última maravilha voltaria para a pilha da estrutura?


Portanto reforço que no 7wd tudo que acontece só é válido do momento presente em diante. O que já aconteceu não é desfeito. Isso basicamente é uma regra regal.

Assim, considero ter retirado sua dúvida. 
Esse é meu jogo favorito e aproveito pra dizer a você que tem uma expansão de fãs para o 7wduel muito boa, melhor ainda na versão da segunda edição.