Você fez duas perguntas, a resposta é não para a primeira e +/- pra segunda.

No começo de qq partida, vc pode escolher personagens diferentes, mesmo vc perdendo a primeira partida daquele mês, vc pode mudar os personagens para a segunda partida, exemplo:

Vc escolheu os personagens A e B em Janeiro, mas perdeu a primeira partida, então vc deve jogar a segunda partida de Janeiro, dai vc pode mudar os personagens para C e D!

Ficou um pouco confuso mesmo,  mas vc conseguiu esclarecer.  Eu axei q se eu escolhesse o personagem A e B em janeiro eu teria q usar apenas eles durante todo o ano. 

Que nada, vc pode ir usando, trocando entre os personagens como bem entender como o Barathrum falou.

Existem mecânicas do Legacy que influenciam escolha de personagens e algumas coisas que interagem com personagens nunca utilizados, mas não darei spoilers. 

Quais as implicações que teriam ao ter dois jogadores jogando sempre com os mesmos personagens e eventualmente em um ou outro mês, outros jogadores entrarem na campanha com outros personagens para jogar somente um ou dois meses?

Aronnax:: Quais as implicações que teriam ao ter dois jogadores jogando sempre com os mesmos personagens e eventualmente em um ou outro mês, outros jogadores entrarem na campanha com outros personagens para jogar somente um ou dois meses?

Nenhum problema Aronnax, sem dar spoiler vc deve ter percebido que os personagens possuem espaço para vc inserir associações e aprimoramentos, vai chegar uma hora que vc não vai ter mais espaço para por nos dois personagens e lembrando que aprimoramentos só podem ser colocados em personagens que participaram ativamente no mes.
Nenhum problema tb para adicionar mais personagens/jogadores mes sim mes não, na campanha que estou jogando, estou em julho jogamos 4 partidas em 3 pessoas e 3 em 4 pessoas. Assim
Janeiro - partida 1 - derrota - 3 jogadores - 3 personagens
Janeiro - partida 2 - vitoria - 3 jogadores - 3 personagens
Fevereiro - partida 1 - vitoria - 3 jogadores - 3 personagens
Março - partida 1 - vitoria - 4 jogadores - 4 personagens
Abril - partida 1 - vitoria - 4 jogadores - 4 personagens
Maio - partida 1 - vitoria - 3 jogadores - 3 personagens
Junho - partida 1 - vitoria - 4 jogadores - 4 personagens
Alternamos bastante tb os personagens, acho que o único que esteve presente em todas as partidas aqui foi o médico.

Ralsater::

Aronnax:: Quais as implicações que teriam ao ter dois jogadores jogando sempre com os mesmos personagens e eventualmente em um ou outro mês, outros jogadores entrarem na campanha com outros personagens para jogar somente um ou dois meses?

Nenhum problema Aronnax, sem dar spoiler vc deve ter percebido que os personagens possuem espaço para vc inserir associações e aprimoramentos, vai chegar uma hora que vc não vai ter mais espaço para por nos dois personagens e lembrando que aprimoramentos só podem ser colocados em personagens que participaram ativamente no mes.
Nenhum problema tb para adicionar mais personagens/jogadores mes sim mes não, na campanha que estou jogando, estou em julho jogamos 4 partidas em 3 pessoas e 3 em 4 pessoas. Assim
Janeiro - partida 1 - derrota - 3 jogadores - 3 personagens
Janeiro - partida 2 - vitoria - 3 jogadores - 3 personagens
Fevereiro - partida 1 - vitoria - 3 jogadores - 3 personagens
Março - partida 1 - vitoria - 4 jogadores - 4 personagens
Abril - partida 1 - vitoria - 4 jogadores - 4 personagens
Maio - partida 1 - vitoria - 3 jogadores - 3 personagens
Junho - partida 1 - vitoria - 4 jogadores - 4 personagens
Alternamos bastante tb os personagens, acho que o único que esteve presente em todas as partidas aqui foi o médico.

Complementando a resposta, no Pandemic Legacy os personagens podem morrer... então se você jogar com apenas 2 personagens e for colocando aprimoramentos apenas neles, pode acontecer de lá pela metade do jogo (quando está mais difícil) um deles morrer e vocês terem que começar a jogar com personagens sem aprimoramentos. (sei lá né... por aqui revezamos um pouco, para ter sempre uns 2 reservas já "bombadinhos" ).

Ótimas dicas, muito obrigado.

De players fixos seriam somente eu e minha namorada. É que não posso contar sempre com as mesmas pessoas para jogar toda a campanha então queria saber se atrapalharia muito esse entra e sai de jogador e personagem. Concluí então que isso até pode ajudar.