Pois é, o único motivo compreensível de não iluminar todas as cidades que você tem é não ter capacidade pra isso (potência insuficiente nas usinas que possui) ou não ter recursos suficientes. Ou seja, não seria porque não quer, mas porque não consegue.
Se você tem capacidade nas usinas e recursos suficientes, não existe nenhum benefício em não alimentar todas as cidades possíveis.
Mas se você puder alimentar e não quiser, basta não gastar os recursos. Não tem problema, pode ser feito, só não vejo sentido.
Na verdade até acho que faz sentido em algumas situações específicas, por exemplo: tenho 7 casas e já ilumino 6 com duas usinas. A minha terceira usina alimenta 5 casas com 1 urânio, mas nesse caso eu usaria pra alimentar somente a última casa. Teria que valer muito a pena pra desperdiçar tanta energia. Um urânio vai me custar aproximadamente 12 elektrons no próximo turno, e se eu usar o urânio pra alimentar essa última casa, vou ganhar somente 8 elektrons a mais por isso. Aí não valeria a pena e seria melhor guardar o urânio e construir mais casas pra iluminar no próximo turno.