Sobre a escolha das facções, a primeira opção abaixo é a que eu sempre uso, a segunda é outra que existe no site boardgamers.space (implementação online do Gaia), mas nunca usei.
1. Depois do setup geral, cada jogador (em ordem aleatória) escolhe uma facção. Após, há um leilão das facções escolhidas, em que os jogadores dão lances (podendo iniciar com 0) em pontos de vitória que serão descontados ao fim do jogo. Se você der um lance e esse for o maior lance para aquela facção quando voltar a sua vez, aquela raça é a sua.
2. Opcionalmente, o último jogador pode rotacionar todos os setores (nunca joguei com essa variante, para mim soa meio trabalhoso demais).
Sobre setup: o melhor site que conheço para fazer um setup aleatório é o http://gaia-project.hol.es, que inclusive te dá a opção de como vai querer o balanceamento do mapa.
Edit: sobre a questão do balanceamento das facções, é importante lembrar que o fato de uma facção ser melhor/pior do que outras depende muito do setup (facções, mapa, bônus, tecnologias, pontuação final, boosters...), não é simplesmente "X facção é melhor sempre", por esse motivo que o leilão das facções é feito APÓS todo o restante do setup.