Infelizmente o manual não foi bem escrito e, na minha opinião, muitas coisas importantes ficaram subtendidas.
No BGG, os designers foram respondendo as dúvidas no fórum a medida que iam surgindo. Deste modo, vou tentar responder baseado nessas respostas.
1 - Já foi respondido anteriormente, as cartas de batalha marítimas que não forem derrotadas ou não forem combatidas são removidas na rodada de manutenção.
1.1 As cartas de jornada normalmente exigem que se pague um custo. Se o custo (opcional) não for pago, gera uma penalidade. Se a penalidade não puder ser paga, pague o que puder e siga para a batalha marítima. Exemplo, se uma penalidade diz que você deve descarta 2 alimentos, e você só tem 1, descarte este recurso e siga para a próxima etapa.
1.2 As melhorias dos barcos (os marcadores de escudo, arca e barco/martelo), quando usados, não concedem dados físicos e por isso não são usados em combate. A utilidade está limitada apenas para substituir o custo de uma face exigida de uma ação local ou carta.
2 - De cartas "menores" são: as de forte, de profecia e de artefatos. As cartas "maiores" são as de conquistadores e de batalhas marítimas.
2.1 Todas as cartas recebidas dos bônus são obrigatoriamente fechadas, já as cartas das ações locais são opcionalmente fechadas.
Exemplo 1: A ação local de saquear forte é efetivamente executada: as duas cartas permitidas da ação podem ser as abertas (que estão com a face para cima) ou fechadas (com a face para baixo). Ao passo que as cartas "extras" (se houver) devem ser fechadas.
Exemplo 2: Na ação local de conquistar território, uma das peças concede uma carta de profecia: a carta coletada deve ser fechada.
3 - Os dados podem ser alocados a qualquer momento, porém é aconselhável que não seja durante sua ação. Pois, como os artefatos podem ser ativados, cada um, apenas uma vez, remanejar os dados durante a sua ação podem confundir e ativar novamente um artefato já utilizado.
3.1 No manual diz que os coringas não podem ser alocados para "substituir" uma face exigida, porém para as faces genéricas e as faces que exigem especificamente a face daquele coringa é permitido.
3.2 As melhorias dos barcos (os marcadores de escudo, arca e barco/martelo), quando usados, não concedem dados físicos e por isso não são usados para ativar um artefato. A utilidade está limitada apenas para substituir o custo de uma face exigida de uma ação local ou carta.