Até onde eu sei, você pode optar por não fazer a ação. Pegar o Builder/Trader só pela grana em cima e não construir/vender nada por exemplo.
No caso do Capitão, tranquilo, mesmo sem ter nada pra enviar. Você força os outros a embarcar e depois jogar fora os barris que sobrarem.
No caso do Colono, fico na dúvida. Você poderia deixar de pegar um colono (talvez porque não quer que o jogo acabe?)? Mas e aí, os demais jogadores pegariam os que sobraram no navio, o que daria na mesma. Acho que nesse caso você deveria pegar os colonos normalmente e deixar todos em San Juan se já tiver seus prédios e plantações ocupados.