Até onde eu sei, você pode optar por não fazer a ação. Pegar o Builder/Trader só pela grana em cima e não construir/vender nada por exemplo.

No caso do Capitão, tranquilo, mesmo sem ter nada pra enviar. Você força os outros a embarcar e depois jogar fora os barris que sobrarem.

No caso do Colono, fico na dúvida. Você poderia deixar de pegar um colono (talvez porque não quer que o jogo acabe?)? Mas e aí, os demais jogadores pegariam os que sobraram no navio, o que daria na mesma. Acho que nesse caso você deveria pegar os colonos normalmente e deixar todos em San Juan se já tiver seus prédios e plantações ocupados.

Tirando o capitão onde você é obrigado a embarcar, nas demais você não é obrigado a fazer, mas geralmente isso não é uma vantagem, o que pode acontecer é você chamar a fase para pegar o dinheiro acumulado nela e avaliar se a ação em si agrega algum valor para você ou não.

Pode fazer sim, com exceções:
Capitão: Você é obrigado a embarcar enquanto for possível;
Minerador: Você minera ganha o dobrão de qualquer forma (e quem não vai querer né)
Prefeito: Você pode não pegar o colono adicional, mas a distribuição dos colonos do barco é feita em sequência, começando por você.

Do restante, Colonizador, Construtor e Comerciante você tem a opção de executar ou não a ação. Ai vai da sua estratégia.
Para dúvidas assim vale a pena jogar uma partida online no Bordgame Arena (http://pt.boardgamearena.com/) lá as regras são bem redondinhas.

Acho que o jhamiltonf explicou bem...
Só frisando duas coisas: você pode sim pegar a ação do Capitão mesmo que ninguém tenha nada para embarcar, apenas para "gastar" essa ação! E o colono só é permitido escolher aceitar ou não, o extra, o adicional de benefício para quem chamou a ação do prefeito, que vem de fora do barquinho; todos os demais colonos que estavam no barco, são distribuídos e os jogadores obrigados a colocar em algum espaço vago, caso o jogador não tenha nenhum espaço sobrando ele deixa os restantes em San Juan para serem usados depois.