Sobre a sua primeira duvida, sim, voce recebeu uma carta a mais 
Ao jogar, simplesmente ignore essa carta extra de "Projetar Bomba" - coloque ela de volta na caixa
Sobre a segunda dúvida, eu diria para seguir o manual. Na prática, voce vai comprar 3 cartas de projeto de bomba, juntar com alguma carta de projeto que talvez voce já tenha adquirido, e dessas escolher apenas 1 para continuar com voce, as demais devem ser descartadas.
O que a carta "Projetar Bomba" faz é te permitir escolher um melhor projeto de bomba para voce construir
(afinal, voce só pode ter 1 carta de projeto de bomba com voce, então escolha bem qual projeto fazer!)