Eu também fiquei com essa dúvida ao ler o manual e até joguei com essa dúvida também, escolhendo uma ou outra opção.

Mais tarde, resolvi sanar a questão, mas simplesmente não se encontram as regras em outras línguas para download, pois eu tinha a esperança de ver problemas na tradução. No fim das contas, consegui a resposta.

Primeiro de tudo, o manual da Galápagos está certíssimo. Infelizmente, o jeito de escrever (sintaxe) e a posição das informações no manual atrapalham a interpretação e, por isso, a sua (nossa e de muitos outros) dúvida.

A compreensão veio do site da Edge Entertainment, a editora original do jogo. Não tem regras lá, mas tem uma boa descrição do jogo. Transcrevo a parte importante a seguir (em bom espanhol):

"Si juegas como agente de la DEA, sin embargo, tienes dos caminos para ganar. El primero consiste en sacar de la circulación a todos los personajes de facciones criminales ya sea eliminándoles o enviándoles a la cárcel. El segundo pasa por apoderarte de todas las cartas de laboratorio que tengan en su poder los jugadores que integren cualquiera de las facciones del bando de los delincuentes".

Portanto, o DEA vence a partida:

. se ele confiscar todos os (seis) laboratório em jogo OU;
. se todos os Criminosos forem presos e/ou mortos (eliminados, com a carta Erro do DEA).

Atente que, laboratório virado para baixo não é laboratório confiscado.

Ou seja, se o DEA reteve todos os laboratórios da Facção A (com a carta Operação do DEA), mas efetuar a prisão da Facção B (o que tira todos os laboratórios B de jogo momentaneamente, enquanto os criminosos da Facção B estiverem na Cadeia), o DEA somente vencerá a partida se também efetuar a prisão dos criminosos da Facção A (e C, se houver) ou se a Facção A (e C) for eliminada (morta).

É isso! Considere bem a sua estratégia ao jogar com o DEA, priorizando prisões (Flagrante) ou Operações do DEA (apreensão de Labs) ou Eliminação nos momentos oportunos.