nieb:: A população da cidade (número 3) é limitante apenas durante o setup. Depois de iniciado o jogo, cada cidade pode ter quantos suprimentos você quiser.
Mais do que isso, só com spoiler.
Vou discordar do nobre amigo nieb. Vejam, eu abri a caixa do jogo ontem, então só joguei o prólogo, então minha opinião é baseada apenas no manual original, sem nenhum sitcker nele.
Discordo do que o colega falou sobre o limite ser só do setup, mas depois de iniciado o jogo a cidade pode ter quantos suprimentos quisermos. No manual, na pag 6. tem "Population --> Each location has a population, which is used to determine how many Supply cubes are placed when using a card. The population of a location can be as low as 0 or as high as 8."
Mais tarde, na página 10 encontramos "Produce Supplies --> If you use its "Local Production" ability, fill your current haven or supply center to its population wit Supply cubes. If the location already has Supply cubes equal to or above its population, do not place more."
Pelo que entendi, o population vai ser sempre o limitador de quantos supply cubes podemos colocar. Ficou claro para mim, em outras partes do manual, que nós poderemos aumentar ou diminuir a população, mudando esse limite.
Também, pensando temáticamente, não faz sentido eu ter mais supplies do que a população necessita. Seria desperdício!

Quanto a dúvida original, exatamente como o colega nieb falou, pode colocar supply cubes em localizações que já tenham plague cubes!
Espero ter contribuido de alguma forma =)