Eu faço assim:
Manual criado pela empresa > Abro ele no NitroPro, deleto os textos em vez de editar e deixo limpo. Depois abro no photoshop, para pegar pagina por pagina por fim abro no InDesign crio o livro e coloco o texto ali.
(Eu acho melhor recriar o texto no indesign do que no NitroPro ou Adobe Acrobat Professional, as vezes o texto em português é maior de forma q símbolos e tokens ficam em outro local, isso para colocar no editor de PDF seria uma BOSTA. Se alguem acha o contrario experimenta o manual do Zpocalypse ou Gloomhaven pra ter uma base do que falo em quantidade de token por pagina de manual.)
Exemplo de algo que é extremamente nojento de ficar editando, porque atrás do "a" tem o fundo azul, e depois do fundo azul tem o contorno branco. Agora imagina, tem 11 letras nessa página. O manual é todo assim.

Manual escaneado > Abro no Abbyy Finereader que cria ocr em pdf e imagem. Depois dos textos estarem em OCR, eu abro ele no photoshop, o fundo da pagina geralmente aparece em imagens comfalhas nos locais dos textos, dae você tampa com a ferramenta Carimba esses buracos.
Cartas > Esse aqui já é mais osso, mas o macete é achar a carta com menos texto possivel e tambar onde está o texto com Carimbo de outras cartas que não tenham o texto nos locais.
Dependendo das cartas e manuais escaneados, já levei mais de 4 horas para deixar apresentável, pronto para editar.