Oi, Verna.
Embora os dois jogos tenham temáticas muito parecidas, eles possuem mecânicas bem diferentes. 
O Nippon é um jogo bem pesado, com uma pegada de simulação econômica bem forte (os designers do Nippon são os mesmos do Madeira que é considerado um euro mega heavy!). No Nippon tem uma mecânica de seleção de ações eu acho muito bacana que é praticamente um worker placement invertido (eu sei, louco, né), mas que deixa o jogo super estratégico e que pode influenciar bastante na velocidade do jogo.
O grande lance do Yokohama, por outro lado, é a variabilidade. Nesse cada jogo parece um pouco diferente por causa da posição de cada uma das ações. Ele lembra bastante o Istambul com aquele set-up de colocar as ações de forma aleatória. Não foge muito de um worker placement, mas com um twist na parte da força de cada uma das ações dependendo da quantidade de trabalhadores alocados. Ele é bem mais leve que o Nippon em termos de complexidade.
Enfim, na minha humilde opinião, são jogos diferentes. Se vale ter os dois na coleção? Bom, nesse caso vai dependender bastante de que tipo de jogos vc quer ter em casa. Conheço gente que só quer ter um euro na coleção, ou só um jogo econômico pesado, ou só um jogo de trenzinho (nossa, essa é dificil, hein?
). Tem gente que só tem euro pesado na coleção. Enfim, depende do gosto.
No meu caso? Eu acho os dois fantásticos! 