Joguei ambos... gostei muito dos dois e consideraria manter os dois na coleção...
mas considerando o aspecto da escolha que você mencionou, principalmente financeiro, eu escolheria o Dominion.
Na minha opinião, o principal atrativo estratégico do deck building é a oferta de cartas aos jogadores. Apesar da aleatoriedade da trilha de cartas ofertadas no Ascension: Chronicle of the Godslayer ser um diferencial bacana do jogo, ele acaba perdendo um pouco desse aspecto estratégico (ganhando outros aspectos táticos) e que podem fazer algumas partidas ficarem com um sentimento de desbalanceamento, como quando chega na sua vez e as melhores cartas disponíveis foram compradas pelos outros jogadores e só restam coisas que não se encaixam bem no deck que você está montando.
Por isso, sem dúvidas, eu pegaria o Domion... mas sem desconsiderar a possibilidade de ter os dois no futuro... 
PS: Eu, particularmente, pretendo pegar o Ascension, já que um amigo muito próximo tem o Dominion com expansões. Então também pode ser: compre um dois e convença um amigo a comprar o outro... uhahuauhauh... 