O herói é exaurido quando você usa uma das ações impressas na carta dele (THW, ATK, DEF). O mesmo vale para o REC do alter-ego. Isso não deixa a carta inutilizável, apenas estas ações específicas. Como o colega acima já falou, você pode ainda virar o herói parr o lado alter-ego ou vice-versa, mesmo ele estando exaurido (limite uma vez por turno) - neste caso, mantendo ele exaurido.
Portanto, se ele está exaurido, ele não pode usar estas ações específicas novamente.
A carta Not Today é um Hero Interrupt com o texto "When your hero defends (...)" - ou seja, ela pode ativada um instante antes do seu herói fazer a defesa dele. Não é uma ação de defesa extra (que existe também), é pra ser usado junto da defesa normal dele, que no caso não seria possível pois ele já está exaurido (se ele já defendeu antes nesse turno, poderia ter usado naquele momento). E, sim, ela soma à defesa do herói, conforme o texto. Sobre o timing, eu ACHO (me corrijam aí caso não seja isso) que a ordem é:
1- você coloca a carta de reforço no vilão
2- ativa a Not Today (uma Interrupt tem que ativar logo antes da defesa ser executada), neste momento o seu herói já está com +2 de defesa
3- declara o defensor (que no caso teria que ser o Nightcrawler)
4- vira a carta de reforço do vilão
5- resolve o ataque
A BAMF, o colega também já respondeu, como ela não requer um exaurir ela possibilita a defesa mesmo que o herói esteja exaurido. Inclusive neste caso você poderia usar as duas cartas para defender exaurido e com o bônus.
Sugestão, se ainda nao pegou, baixe a versão 1.7 das regras.