Acredito que todas as tuas dúvidas são por conta de falhas no manual e/ou tradução, que diga-se de passagem, não é bem organizado, ao meu ver:
1) A miniatura da nave não aparece no manual, e ela não tem função no jogo, pode desconsiderá-la se quiser. Ela funciona como marcador de onde tua nave pousou nos planetas e só, e para isso há as figuras de nave...
2) A carta divisória "cartas de planetas", salvo engano, foi traduzida erroneamente. Não me lembro se é isso, então peço desculpas se eu estiver equivocado. Observe no organizador de cartas B (preto) que a posição "F" é para planetas cadastrados. Portanto, verifique se há uma divisória com este nome, se não houver, coloque a divisória "cartas de planeta" ali. Se houver a divisória "planetas cadastrados" nesse compartimento, deixe a divisória "cartas de planetas" na baia "removido do jogo" até que o jogo diga algo a respeito.
3) o último compartimento do organizador B é para componentes removidos do jogo. Ao longo do jogo, conforme evolui, alguns dados e cartas serão/podem ser descartados. Acredito que você possa ter visto uma ilustração e isso gerou a dúvida.
Caso ainda identifique mais peças do que exposto na lista de componentes do manual, pode ser que peças do envelope secreto estejam misturadas aos componentes básicos. Na pág. 41, há uma coluna à direita com uma lista de todos os componentes secretos. Na mesma página há instruções para reiniciar os baralhos de tutorial, se for tua intenção jogá-lo.
Caso a situação da carta de planeta não for resolvida, informe aqui que verifico na minha cópia do jogo onde a posicionei para tirar a dúvida.