Pensando somente na adição dos meeples, não faria muito sentido porque o jogo acaba quando o jogador colocar todos os meeples dele na torre e possuir todas as poções completas.

Teria que pensar em alguma regra de extra para que ganhasse quem tivesse mais pontos. 

Talvez quando acabasse as cartas de movimento ou por limite de rodadas.

Agora que eu li a sua sugestão de limite de tempo. Bom, eu não gosto muito de tempo em jogos, mas é uma sugestão válida. 

Eu acho que poderia diminuir a quantidade de cartas de movimento, e usar de gatilho para final de jogo.

igoreg::Para que jogou o Wandering, faz sentido essa modificação?

Olha, respondendo diretamente sua pergunta: não faz sentido. 

Há tempos que eu não via um jogo family que agradava tanta gente, desde quem não joga até os mais velhos de hobby. O jogo é super divertido e as regras são elegantes ao que ele propõe. 
Pra quem é mais cracudo e gosta de uma pitada a mais, dá pra por um monte de poderes (e como o manual diz: quanto mais poderes mais estratégico), pra dar mais opções de usar as poções e o jogo fica ainda melhor.
O jogo também não é demorado então não é algo que precisa ser controlado pelo tempo.

Agora, respondendo sua pergunta pensando no lado da criatividade de inventar uma variante com tempo, aí sim, o lance de por meeples com pontos é uma sacada boa e parece que vai funcionar assim.
Sendo sincero, eu nunca ia preferir jogar essa variante ao invés das regras originais.

Eu tava no hype pra esse jogo e acabei achando fraquinho, vou sempre preferir Survive por exemplo kk. Tirei da minha lista e nesse preço não compro.
Gostei da ideia da variante principalmente se a ideia for acrescentar mais meeples no jogo. Uma das coisas que nao gostei dele é que em uma partida com mais jogadores (o que seria ideal pra ter mais caos) usamos menos meeples e eu não me perdi durante o jogo, achei que nao teve tanta graça o jogo da memória dele. Sua ideia acrescentaria meeple e a preocupação de onde estaria o meeple com mais pontos (uma das coisas legais q acho no Survive é q no meio do caos eu perco meus meeples poderosos kk).
Gostei da ideia de quantidade de rodadas pelas cartas também, assim sabemos quando o jogo está acabando. Na minha partida ela se prolongou e na real nao existe um mecanismo pra finalizar a partida, ele acaba na sorte kk. Cronômetro eu nao usaria de jeito nenhum. 
Um ponto negativo seria contar ponto no final.
No geral acho que vale a tentativa sim, gostei da ideia.