Você mesmo citou amigo. Existe e em 3d. Só que é caríssimo. O que a galera faz é comprar deckbox barata e usar. Principalmente do keyforge que caiu em desuso e tem mais barato por aí.
Insert 3d não tem jeito, quanto mais plástico você colocar ali, mais caro fica. Montar 10 caixinhas robustas em plástico sai mais caro que montar um insert único pra uma caixa grande com vários buracos, que ajudam a reduzir a quantidade de plástico usadas.
Bucaneiros eu passo longe. Nada contra a empresa, mas mdf é pesado, junta mofo, as vezes nem acelera tanto o setup e eu ainda acho caro quando coloco todas essas coisas na conta.
Minha sugestão pra você, que é o que eu fiz: compra uma caixa pra colecionar tcg e bota os decks e as minis lá dentro. Uma caixa pra 2.000 cartas cabe tudo isso aí que você quer e ainda sobra espaço. Você pode comprar de papelão ou daquele courin em sites por aí. A ludopedia nao permite links externos, então seja criativo ao pesquisar na internet