Marcelo, vou responder tomando base o Clássicos, pois não tenho o lendas. Guarnecer é uma ação que se faz apenas quando se desce uma carta de região (amarela) que permita essa ação. Se ela deixa guarnecer, você pode esconder uma carta de sua mão embaixo dela. 

É possível guarnecer com outros efeitos, somente se outra carta permitir. Aí, pode ser exaurindo algum efeito de uma carta ou mesmo ser uma ação livre, conforme descrição da carta em questão. Não existe uma ação comum "guarnecer". 

Assim como a maioria dos jogos de cartas, no Imperium as regras descritas nas cartas sempre estão certas e tem preferência em relação às regras comuns, por isso eu disse que pode ser possível guarnecer com outra carta que permita isso, desde que isso esteja escrito em algum lugar.

Espero ter ajudado.

Ajudou bastante, muito obrigado.

Obs.: As regras do Clássicos são as mesmas do Lendas.

Se eu guarnecer uma desordem, ela conta os pontos negativos no final do jogo e também para o critério de fim de jogo quando terminam as cartas de desordem?

arthurtakel::Se eu guarnecer uma desordem, ela conta os pontos negativos no final do jogo e também para o critério de fim de jogo quando terminam as cartas de desordem?

Conta sim. Guarnecer uma desordem pode ajudar a tirar uma carta inútil pro deck rodar mais rápido, mas o problema continua, inclusive dos pontos negativos.