Na verdade, é bem explicado sim.
A carta de nau é uma carta de portfólio, como qualquer outra. Ela ocupa um espaço no portfólio, como qualquer outra.
Entao, se o jogador A construiu uma Nau, e numa futura ação ele resolve construir outra, ele pode ou construir do zero (e pagar os recursos todos) ou pagar a diferença, e descartar a nau inferior.
E aí, descartar uma carta do portfólio, sempre é tirar do jogo.
Mas nesse caso, o jogador B que deveria ter corrido atrás de tentar fazer a segunda nau, ao invés de deixar o jogador A fazer duas..