Bom dia Filipe, tudo certo?!
Como você escreveu, as conquistas globais tem um "lugar certo" no tabuleiro, esse local representa o tipo de conquista. E como você já percebeu, existem algumas conquistas que precisam ser colocadas no mesmo local. Dessa forma aquela descoberta mais recentemente substitui a antiga (caso esteja usando os adesivos você colaria a nova conquista por cima ou removeria a anterior e colocaria a nova).
Em alguns casos onde essas conquistas são contraditórias, e você já possuindo uma não conseguirá pegar a outra, pois no cenário onde você a desbloquearia terá um pré-requisito do tipo Conquista Global: "xxxxxx" (INCOMPLETO). Sendo assim, se você já possuir essa conquista "xxxxxx" não poderá iniciar o cenário, e por consequência não desbloqueará a conquista do mesmo tipo.
Espero ter lhe ajudado.
Boa jogatina.