Todas as expansões de Munchkin são teoricamente independentes de outras. O que pode acontecer é você adicionar ao jogo base muitas expansões e cartas específicas, por exemplo montarias, não saírem com regularidade.

E falando de gosto, por aqui curtimos bastante a expansão 6. Ela adiciona uma nova mecânica de seleção  de Dungeon, que deixa o jogo bem divertido.

Tive todas as expansões, exceto a 9. De todas, eu preferia a 2, 3 e a 6.

Como falado nos outros comentários aqui, as expansões são independentes. Mas eu acho interessante ter umas 3 ou 4 expansões pelo menos. Pois assim a rejogabilidade aumenta bastante, o que acaba tornando impossível ter um jogo repetitivo. Quando se tem apenas o Base ou apenas uma expansão, vejo que que acaba saindo as mesmas cartas ao decorrer das partidas, o que perde a graça.... mas quando se tem mais, a coisa muda... uma partida nunca será a mesma que a outra.

Eu mesmo tenho o Base, Exp2, 3 e 4.... e tem me atendido muito bem.
Não conheço as demais, mas fiquei curioso pela Expansão 6 que o @clebercastilho comentou aí em cima.

Recomendo a dlc 4, Montaria Arredia, que adiciona montarias, escudeiros, raça Orc e Gnomo e classe Bardo. E tem a dlc 5 também, que dá pra domar os monstros e adiciona a classe Ranger.