1. Não, tokens/marcadores não contam para governo de uma clareira (regra 2.5 ou 2.8, dependendo da versão do seu Law of Root). Madeira é um token/marcador.

2. Não, as madeiras permanecem. São removidas em batalha (ou por via de outros efeitos de cartas, etc.) tal como construções – inclusive pontuando. Ver regras 3.2.1 e 4.3.4 (ou 4.3.3, dependendo da versão do seu manual).

Existem cartas que mudam a dinâmica do jogo justamente alterando a regra do domínio: fazem com que tokens contem para governo. Trem danado para ferrar com as rapinas, apimentar os marqueses ou malandrar ainda mais os corvos.

Nesse caso a aliança so governa uma clareira se tiver base e/ou soldados a mais que outra facção correto?

Isso!

O Law of Root tem um glossário bem útil também. Basicamente:

Construções (G.1.3) são peças quadradas de cartonado;
Marcadores/tokens (G.1.32) são peças redondas de cartonado;
Guerreiros (G.1.34) são meeples de madeira;
Peão (G.1.17) é um meeple de madeira (caso do Malandro).

Aí é só aplicar as regras.

A Aliança tem: guerreiros (funcionam como Oficiais se recrutados), marcadores de simpatia e bases (construções). Apenas guerreiros e construções contam para governo.

Isso mesmo, lembrando que os marcadores de simpatia da aliança (cartonados redondos) não contam para domínio/governo da clareira.