Boa tarde.
No BGG eu vi uma discussão sobre a possibilidade de os tentáculos aparecerem em salas explodidas quando o Kraken ataca. O próprio Kane Klenko, designer do jogo, disse que não. Você preenche a coluna e pula as salas explodidas.
Pegando a sua dúvida, com base nesse exemplo dado pelo designer, entendo que o tentáculo explode junto com a sala, mas somente a parte que lá estava. As demais partes daquela coluna continuam no navio. O único jeito de retirar a coluna inteira é com a ação de cortar os tentáculos, ou se todas as salas daquela coluna explodirem.
Pode parecer estranho, mas nem matando o Kraken, os tentáculos saem de jogo, eles continuam lá, se mexendo, como se fossem independentes. Isso está escrito no manual, no final da parte sobre atacar o Kraken.