O manual realmente deixa espaço para dúvidas.
Pois bem, fui nos fóruns no BGG sobre esta questão, e o que encontrei é que: após a batalha, caso não sobre nenhum navio para transportar suas unidades, elas se afogam.
O manual diz que essas unidades terrestres são removidas ATÉ QUE* O TRANSPORTE SEJA POSSÍVEL.
Então a interpretação mais provável é que sim, elas afogam, a menos que ainda em seu turno, você possa recrutar um navio no hexágono em que houve o combate, e após a resolução do mesmo desse combate, caso esse novo navio não seja destruído, vc poderá transportar as unidades terrestres que "estavam na água".

Esse ATÉ QUE que consta no manual, na minha opinião, deve ser interpretado havendo um limite de tempo, ou seja, até o fim do turno do jogador ativo, pois não faria sentido temático as tropas ficarem no mar aguardando um navio ser pronto para ir buscá-lo num turno posterior; porque navios não são construídos apenas em alguns dias né?

Espero ter ajudado, e que me corrijam, caso tenham visto algum tópico sobre o assunto com uma opinião diferente.

Todas morrem.
Quando o manual diz para ir removendo é para o caso de ainda haver embarcações existentes.

Se não houver todos morrem

Na minha opinião, as unidades terrestres são removidas, é assim que eu jogo.

Há outros jogos com mecânicas semelhantes, como TI4, no qual as unidades terrestres viajando também são removidas, no caso de destruição do seu transporte. No máximo, elas se movem entre os transportes, mas, no seu exemplo, como tudo foi destruído, então realmente ficaria sem ninguém.

Manual é claro:
"Unidades Terrestres transportadas por Navios não têm função 
durante um combate Naval (exceto por algumas habilidades 
de Líder). Entretanto, depois da batalha Naval você deve 
verificar se você tem Navios suficientes para transportar as 
Unidades Terrestres no espaço (2 Unidades Terrestres por 
Navio). Se não, você deve remover as Unidades Terrestres até que 
o transporte seja possível."
Em síntese: não sendo possível o transporte pela falta de navios, todas as unidades são removidas.

Obrigado pessoal, ajudaram bastante.