De forma alguma ^^ É inclusive recomendado.

A ressalva para as armas, no livro de regras, é deixar os baralhos das caixas base (Invader e Dark side) separados, quando você procurar em um tile do Invader pega uma carta do baralho dele, quando buscar no tile do dark side pega uma carta do baralho correspondente.
Mas lembrando são sugestões, o jogo é moldável a seu gosto ^^

Na minha experiência tem dado certo assim, e as cartas do Black Ops eu adicionei no baralho do Invader.

Para as cartas de xenos, mistura tudo e seja feliz (aconselho só a deixar o spaw hate de abominações entre +- 30% (que é o da caixa base + black ops), Por exemplo de 60 cartas de xenos 18 delas serem de abominações.

Recentemente tive contato com uma nova forma de montar os baralhos dos Xenos.

Deixa eles separados mesmo e alternadamente você faz a entrada dos xenos dos respectivos baralhos.

Logo com 3 entradas: 
A primeira é do Baralho do Invader
A segunda do Baralho do Dark side
A terceira do Baralho do Invader.
Na próxima rodada inverte.