Boa noite!

A resposta curta é: Sim, as cartas são diferentes.

Agora vamos elaborar.

As únicas cartas em que os versos poderiam causar um pequeno problema são as cartas de mercado (market na expansão). As cartas viradas no mercado ficam imediatamente evidentes se serão do jogo base ou da expansão.
Fora isso, não há mais nenhum problema na mistura.
As cartas de antecedentes (backstory) também tem versos diferentes, mas são escolhidas uma única vez no início do jogo, então é muito simples apenas embaralhar o monte e pegar uma sem olhar.

A maravilhosa adição da expansão Monsters and Minions são exatamente os Monstros e Minions. Eles não existem no jogo base, então sempre serão seu próprio tipo de carta, sem misturar com nada mais. Zero problemas aqui.

Falo por experiência própria, eu misturei o meu jogo base não só com a Monsters and Minions, mas com a segunda expansão também, Fiends and Familiars e o único porém que vejo é no mercado, e mesmo assim, pra mim não atrapalhou em nada o jogo, já que a cada fase de mercado são abertas diversas cartas, e a única informação que se tem é que uma delas, no caso a primeira do monte, vai ser do jogo base ou da expansão. Isso afeta em absolutamente nada minha decisão de compra no mercado.

Então, em resumo, sim, as cartas são diferentes. Vai incomodar? É uma questão muito pessoal, mas a mim não incomodou. E a profundidade que as expansões adicionam ao jogo base (sério, o jogo vira outro, fica MUITO melhor) pra mim valeram totalmente a pena fazer a mistura.

Espero ter ajudado!
Abraço