Bom dia,
Isso depende do modo de jogo...
Se for "Cada um por si", você distribui os pontos de combate como achar melhor, dividindo entre oponentes e suas respectivas bases do mesmo modo que na partida para dois jogadores. Um conceito importante nesse jogo é o de "reserva", os pontos de combate e comércio provenientes das naves e bases não são aplicados instantaneamente e nem é a nave que está atacando, esses pontos ficam na sua reserva e você os aplica como achar melhor.
Se for o modo de jogo "Caçador", você só pode atacar as bases e jogadores vizinhos, a sua esquerda ou direita. Nesse caso, não muda nada em três jogadores, mas em 4 você não poderia atacar o jogador a sua frente, por exemplo. O mesmo se aplica para a reserva.
Também há o modo "Invasão", que em três jogadores coloca dois contra um. Nesse caso os 2 atacantes só podem atacar o chefe. O mesmo se aplica para a reserva.