Alguém ajuda aí, vai... 

Oi meu caro, só estou vendo agora o seu post.

Vamos lá.

A orientação para manter os baralhos separados pelas casas é somente para as suas primeiras partidas, para você poder aprender e compreender o jogo sem maiores complicações.

Mas o jogo é um LCG (Living Card Game) que é um sistema de jogo de constante alteração e montagem dos decks, com lançamentos periódicos e continuados de ciclos de expansão. Então é possível você montar decks totalmente customizados para as suas partidas, com personagens de casas diversas, observando algumas regras previstas no manual.

Como o seu baralho pode ter em partidas avançadas personagens pertencentes à casas que não são a que você está defendendo, para colocá-los em jogo é necessário que se pague duas moedas a mais que o custo estampado na carta. Isso se chama de multa de ouro.

Portanto, não há uma contradição nas regras, e sim uma sugestão de regra mais fácil e direta para as primeiras partidas, e as regra gerais para partidas já com a customização de seu deck.

Mais bem explicado impossível. Na verdade foi uma pergunta não muito inteligente.

De qualquer forma tá 100% entendido. Muito obrigado!