O terreno das cidades-estado é sempre pradaria (página 13 do manual - Cidades-Estado), portanto, o bônus de defesa quando ela está sob posse de algum jogador é 2 (1 por ser pradaria e, como o bônus de defesa de cidade é sempre o dobro do terreno, logo, a defesa é 2).
Sobre as outras perguntas, uma cidade-estado conquistada é uma cidade como qualquer outra, portanto, as regras de combate são exatamente as mesmas de como se você estivesse atacando qualquer cidade daquele jogador.
A única diferença é que, se o atacante vencer o combate, ele pode escolher se quer conquistá-la ou libertá-la.