Primeiro, bem vindo a Ludopedia! 

Sobre as perguntas, tentarei ajudar com o que sei/lembro. Vamos lá!

1- Dúvida sobre a carta: É correto afirmar que caso os monstros tenham sido mortos no primeiro combate podemos ganhar seus tesouros e o nível? A carta diz que deve ser usada após o final do combate, a carta também se refere ao segundo combate como um "novo combate", logo, há duas frases descrevendo explicitamente que o primeiro combate foi finalizado. Há também uma terceira frase, que é a ressalva quanto ao Munchkin estar morto. Ora, para estar morto a Coisa Ruim tem de ter ocorrido, e se a coisa Ruim pôde ocorrer, após uma derrota, imagino que possam ser ser coletados os tesouros e níveis, após uma vitória, destacando ser um "novo combate", correto?

- Ao matar um Monstro vc sempre recebe os níveis, mas deve esperar para receber os Tesouros até resolver todos os combates que possam surgir por efeitos de outras cartas.

2- Dúvida sobre uma situação de jogo:
Em um longo combate, contra um "Golem de (os que fumam a) Pedra", duas pessoas se ajudando estavam ganhando a disputa. O Golem começou a ser bufado, com Encouraçado e Ancião. Ainda assim os jogadores ganhavam do Golem. O Golem foi transformado em Morto Vivo e um Rei Tut (morto vivo) foi invocado para a ajudar o Golem. Uma poção de polimorfismo foi usada no Golem, deixando 8 tesouros para trás. Como polimorfismo foi jogado em resposta à invocação de Rei Tut também foi argumentado que o Rei Tut deveria retornar, pois se não há Golem morto vivo, não deveria haver Rei Tut invocado. 
*1 Quanto a isso foi decidido que Rei Tut deveria ficar em campo.

- Correto, ele deveria continuar normalmente. O Rei Tut foi invocado seguindo as regras dos Mortos Vivos e mesmo que o Golem Morto Vivo tenha sido retirado, o Rei Tut já estava em combate (entrando legalmente). Portanto permanece até se resolver.

Sequência em DVD foi ativada.
Tesouros do Golem foram distribuídos, por conta de polimorfismo, mas nível e tesouro do Rei Tut NÃO foram acrescentados aos jogadores (e isso aqui depende da resposta da primeira pergunta, pois eu entendo como um combate finalizado, onde poderiam ser coletados tesouros e níveis do monstro derrotado, sem prejuízo de um NOVO combate, como diz sequência direto em DVD).

- Os Tesouro entregues por conta do Polimorfismo está correto. Porém poderia ter recebido os níveis por ter derrotado o Rei Tut (ver primeira resposta).

*2Golem e Rei Tut retornaram por conta de sequência direto em dvd, sob protestos perdidos de que Golem não deveria retornar por conta de polimorfismo.

- (Ah, Munchkin sem prostestos não é Munchkin!) A Sequência Direto em DVD trás todos os Monstros de volta, independente de como foi a resolução do último combate (derrota, morte ou fuga).

Os dois jogadores não tinham mais o que fazer. Um jogador escolheu tentar fugir primeiro do Golem e morreu.
*3Esse jogador argumentou que não teria como tentar fugir do Rei Tut, pois já estava morto. Sua intenção era a seguinte: se tentasse fugir de Rei Tut e conseguisse fugir perderia dois níveis, por conta do efeito de Rei Tut, mas como estava morto pelo Golem argumentou que não se pode tentar fugir estando morto. Perdeu a argumentação, fugiu, perdeu níveis.

- Ele estava correto. Se ele estava morto, ele não poderia fugir de outro Monstro. Lembre-se: os Monstros não são malvados. Eles só reagem aos Munchkins. Os Munchkins é que são malvados. Viu o que vcs fizeram com seu amigo? 

1- É um novo combate. Então você deve ganhar os níveis e os tesouros do combate finalizado. E assim iniciar o novo combate no mesmo turno.

2- Jogaram certo ai. Rei Tut deve permanecer em combate mesmo com a ausencia do morto-vivo original.

3- Assim que os jogadores derrotaram o Rei Tut ai sim vocês deveriam não só pegar os níveis e tesouros do Rei Tut como só agora deve-se pegar os tesouros também do golem. Afinal só pode pegar todos os tesouros e niveis depois de todo o combate finalizado.

3.1 - Com a sequencia direta do dvd tanto o Golem como o Rei tut devem voltar ao combate. Afinal a carta diz que todos os monstros do combate anterior devem retornar com os ampliadores de monstros usados neles.
Poção de polimorfismo é um item de uso unico e na carta da sequencia deixa claro que as cartas de uso unico não retornam na sequencia direta de dvd.
Nota: É muito bom saber diferenciar o que é Ampliador de monstro e Itens de uso unico. Ambos podem tanto ajudar como atrapalhar os monstros. Mas tem diferença entre os dois.

3.2 - Quanto a questão da fuga, primeiro de tudo algum dos lutadores na batalha era halfling?? Porque se não era... vocês não precisavam rolar o dado de fuga contra o Golem. Já que ele só persegue e mata se houver halflings na batalha. 
Considerei que existia Halflling.
As coisas ruins acontecem imediatamente após uma fuga mal sucedida, então é claro que existe uma estrategia de que monstro você deve fugir primeiro.
Afinal fugir não seria bem a "palavra" correta... o certo seria se o personagem conseguiu escapar do golpe do monstro que atacou primeiro que foi escolhido.
No caso... o seu amigo estava certo. 
Afinal a partir do momento em que ele não escapa do golpe do monstro que atacou primeiro. O golpe dele: a coisa ruim que é a morte.
E nas regras da morte tem dizendo que o personagem simplesmente some e só reaparece no turno do próximo jogador.
Então como o jogador sumiu então não houve a chance do segundo monstro tentar atacar com a coisa ruim.

Esperta a estrategia do seu amigo. Uma pena que a maioria não acatou e mesmo assim ele perdeu os injustos dois niveis do Rei Tut.