Em primeiro lugar, tem a vantagem de você ter adicionado uma cidade a mais no mapa (existe objetivo de colocar todas as 8 cidades no mapa).
Há também objetivo de conquista de cidades-estado (conquistar duas, se não me engano).
Em segundo (e principalmente), a vantagem é que você coloca o marcador de cidade-estado na sua respectiva carta de foco do mesmo tipo.
Exemplo: Se você conquistou uma cidade-estado do tipo industrial, você deve colocar o marcador de cidade-estado na carta industrial da sua barra de foco.
Este marcador de cidade-estado na sua carta vale como um marcador de comércio, e pode ser usado uma vez por rodada, sempre que você resolve a ação daquela carta.
Este marcador é permanente. Você só o perde se perder a cidade para outro jogador, que o tomará de você.
Além disso, se algum outro jogador também possui a carta de diplomacia da cidade-estado, ele também a perde.
As duas cartas de diplomacia da cidade-estado em questão saem do jogo, e voltam apenas se a cidade-estado for libertada.
Ou seja, uma terceira vantagem seria que você estaria tirando a carta de diplomacia daquela cidade-estado de um adversário.