A mecânica do jogo é basicamente a mesma. O noite sem fim é uma expansão independente, ou seja, você não precisa ter o jogo base para jogar. As principais diferenças são os módulos do Noite Sem Fim (bandidos, raxxon e melhorias), mas eles não são obrigatórios.
Jogando sem eles, é basicamente o mesmo jogo, só que com missões e personagens diferentes.
Respondendo a sua pergunta: sim, as cartas e os personagens são diferentes.
Como algumas pessoas já mencionaram por aqui em outros fóruns, o noite sem fim parece ser mais fácil. Mas até o momento eu só joguei 2x, sendo uma delas no módulo bandido.
O cenário adicional do cemitério é apenas um espaço para colocar os personagens que morrem no jogo, não fazendo tanta diferença assim.