1. Sim, o marcador de desconto é utilizado em todas as três etapas do jogo.
2. Realmente, essa afirmação do manual soou como excesso de zelo, para garantir ao leitor que realmente não tem marcador de desconto sobre uma usina no Mercado até o final da rodada.
Não ter o marcador de desconto ali é útil para a fase 5 (Burocracia) porque é nesta fase que se retira 1 usina (que é substituída por outra enquanto houver usinas no monte). Quero dizer, durante as fases seguintes (comprar recursos e construir casas) todos sabem qual o possível Mercado de Usinas da rodada seguinte para seu planejamento financeiro, mas não saberão qual terá desconto, uma vez que é possível (pouco provável, mas possível) que apareça uma usina menor que aquela que está no mercado atual, ou seja, nas Etapas 1 e 2, retira-se a usina maior e adiciona-se outra que pode ser a menor usina de todas e esta é aquela que receberá o marcador de desconto na rodada seguinte.
Também não haverá conflito durante a fase 5 (Burocracia) com a regra que diz que, ao comprar uma usina menor que aquela com desconto, o marcador de desconto e a usina comprada são retirados do mercado.
Ainda ajuda com a regra de remoção de usina na fase 5 (Burocracia) da Etapa 3: se nenhum jogador comprou a usina com o marcador de desconto, ela deve ser removida ao final da fase 2 (Leilão) e a outra menor usina é removida na fase 5 (Burocracia). Se o marcador de descontos estiver sobre uma usina ao final da fase 2, depois de intenso A.P. comprando recursos e construindo casas, os jogadores podem não lembrar se removeram ou não tal usina.
----
Além disso, o manual em português foi traduzido do material em inglês que, por sua vez, foi mal traduzido do manual original (em alemão).
No manual alemão, diz-se algo como: aplica-se o número normal das usinas nas demais fases da rodada. Isto é, tem nada de "não haverá usinas com desconto". O link para o manual em alemão é este.
Bom jogo!